一,在選擇合適的色譜柱時，需考慮的因素有很多：
（1）選擇一個固定相，根據分析對象的選擇性、極性和固定相分子中苯基含量進行仔細判定；
（2）要了解色譜柱直徑如何影響柱效、溶質保留值、柱頭壓和載氣流速等因素；
（3）確定多長的柱長會影響溶質的保留值、柱頭壓及成本；
（4）從柱容量、惰性、流失和溫度上限出發，正確評估薄、厚液膜色譜柱的不同。
二,要選擇色譜柱，首先需要確定要使用的是填充柱還是毛細管柱。
填充柱比毛細管柱具有更高的樣品容量，雖然這一差距由于hp發明了大孔 530mm 毛細管而大大縮小。檢測器靈敏度的改進也減少了對大劑量樣品的需要。填充柱可能具有優勢的領域是氣體樣品的分析。現代液相色譜中，分離效果好壞很大程度上取決于色譜填料的選擇。
三，毛細管柱
1.色譜柱材料,這種材料必須盡可能是惰性的，尤其是對于痕量分析或容易拖尾的化合物，例如硫醇或類似的活性化合物。對于毛細管柱，熔融石英是可選的材料。
有兩種類型的熔融石英毛細管柱：壁涂開管柱 (wcot) 色譜柱和多孔層開管柱 (plot) 色譜柱。wcot 色譜柱是固定相液膜涂漬在去活的色譜柱壁上。這是氣相色譜中較常用的色譜柱。plot 色譜柱中固定相是固體物質涂漬到色譜柱壁上。
填充柱可以是玻璃或金屬，通常是不銹鋼的。金屬雖然比較有活性，但其對非極性物質比較穩定。但是如果樣品中有極性組分需要分析，請選擇玻璃柱。如果玻璃柱還是活性強（引起峰拖尾、樣品丟失等），請進行去活處理。
2.固定相,選擇毛細管柱時，首先需要確定是否需要 plot 色譜柱。下面是 3 種 plot 色譜柱的典型應用領域：分子篩 不揮發氣體，對水比較敏感二乙烯基苯 (dvb) — hp-plot q c1 到 c3 全部異構體的分離，部分 c4 和更高的（直到 c14）的異構體分離，極性化合物，揮發性溶劑可以允許含水氧化鋁 al2o3 c1 到 c10 異構體的分離, 對水比較敏感.
四,填充色譜柱
1.正相色譜,正相色譜用的固定相通常為硅膠（silica），以及其他具有極性官能團，如胺基團
(nh2,aps)和氰基團（cn，cps）的鍵合相填料。由于硅膠表面的硅羥基（sioh）或其他團的極性較強，因此，分離的次序是依據樣品中的各組份的極性大小，即極性強弱的組份首先被沖洗出色譜柱。
2.反相色譜,反相色譜填料常是以硅膠為基礎，表面鍵合有極性相對較弱的官能團的鍵合相。
反相色譜所使用的流動相極性較強，通常為水，緩沖液與甲醇，已腈等混合物。
樣品流出色譜柱的順序是極性較強組合首先被沖出，而極性弱的組份會在色譜柱上有
更強的保留。常用的反相填料有c18（ods）、c8（mos）、c4（b）、c6h5（phenyl）等。
3.聚合物填料,聚合物調料多為聚苯乙烯-二乙烯基苯或聚甲基丙酸酯等，其主要優點是在ph值為1～14均可使用。相對與硅膠基質的c18填料，這類填料具有更強的疏水性；大孔的聚合物填料對蛋白質等樣品的分離非常有效。現在的聚合物填料的缺點是相對硅膠基質填料，色譜柱柱效較低。
4.其他無機填料,其它hplc的無機填料色譜柱也已經商品化。由于其特殊的性質，一般于特殊的用途。如石墨化碳也用于正逐漸成為反相色譜填料。這種填料的分離不同與硅膠基質烷基鍵合相，石墨化碳的表面即是保留的基礎，不再需其它的表面改性，該柱填料一般比烷基鍵合硅膠或多孔聚合物填料的保留能力更強，石墨化碳可用于分離某些幾何導構體，又由于hplc流動相中不會被溶解，這類柱可在任何ph與溫度下使用。氧化鋁也可用于hplc，氧化鋁微粒剛性強，可制成穩定的色譜柱柱床，其優點是可在ph高達12的流動相中使用。但由于氧化鋁與堿性化合物作用也很強，應用范圍受到一定的限制，所以未能廣泛應用，新型氧化鋯填料也可用于hplc，商品化的僅有聚合物涂層的多孔氧化鋯微球色譜柱，應用ph范圍1～14，溫度可達100℃。由于氧化鋯填料幾年才開始研究，加之面臨的實驗難度，其重要用途與優勢尚在進行中。

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