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工藝詳解 | 關(guān)于PCR診斷試劑的凍干思考

聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(pcr)是分子生物學(xué)中廣泛使用的一種方法,用于制作特定dna片段的多個(gè)拷貝。pcr能夠使特定目標(biāo)/測試樣本的少量(低至單個(gè)拷貝)dna以指數(shù)方式擴(kuò)增,以生成數(shù)千到數(shù)百萬個(gè)拷貝的特定dna片段。如果目標(biāo)樣品是rna,也可以添加前體逆轉(zhuǎn)錄過程(rt-pcr)。rt過程首先將rna轉(zhuǎn)化為dna,然后通過pcr過程對(duì)dna進(jìn)行擴(kuò)增。
以下是經(jīng)典pcr方法中涉及的典型試劑和組分以及它們各自所起的作用:
1、核苷酸(例如:三磷酸核苷,dntp)——是用于制造新dna的分子構(gòu)件,即“原材料”;
2、酶
i. (taq) dna聚合酶——驅(qū)動(dòng)dna復(fù)制過程所需的酶;
ii.逆轉(zhuǎn)錄酶——將目標(biāo)rna轉(zhuǎn)化為dna所需的酶;
3、引物——合成dna寡核苷酸所需的短的單鏈dna/rna片段,有專門設(shè)計(jì)以適配目標(biāo)dna區(qū)域的側(cè)翼。它們?yōu)閐na合成提供了起點(diǎn)。一般需要兩個(gè)引物,分別用于目標(biāo)區(qū)域的兩側(cè);
4、檢測探針或染料
i.探針——熒光標(biāo)記的寡核苷酸
結(jié)合每個(gè)引物的下游區(qū)域。一般需要兩種不同的探針,當(dāng)它們都連接到特定的dna片段時(shí)則會(huì)發(fā)出熒光,以在擴(kuò)增過程中提供可檢測的指示信號(hào);
ii.染料——在dna存在時(shí)會(huì)發(fā)出熒光,以在擴(kuò)增進(jìn)行時(shí)提供可檢測的指示信號(hào);
5、其他賦形劑,如mgcl2輔因子、ph緩沖液、mannitol、海藻糖、bsa、peg2000等;
6、目標(biāo)dna/rna
i.對(duì)于診斷試劑盒,指的是試劑盒正在檢測并準(zhǔn)備復(fù)制的目標(biāo)dna(來自病毒、細(xì)菌等);或者從被測樣品中進(jìn)行提取(如果可行的話);
ii.用于研究/實(shí)驗(yàn)室工作——要復(fù)制的特定dna。
pcr方法存在的處理挑戰(zhàn)
pcr方法存在許多處理挑戰(zhàn)。各個(gè)組分需要在96孔板或“雞尾酒”離心管中進(jìn)行準(zhǔn)確組合。這些組分都需要冷藏,并且保質(zhì)期也相對(duì)較短,同時(shí)交叉污染會(huì)是一個(gè)大問題。更糟糕的是,工作臺(tái)移液錯(cuò)誤也會(huì)造成麻煩。
圖1:pcr“雞尾酒”管
標(biāo)準(zhǔn)pcr過程需要特定的熱循環(huán)重復(fù)加熱/冷卻反應(yīng)試管30-40個(gè)循環(huán),以實(shí)現(xiàn)dna的擴(kuò)增過程。擴(kuò)增儀也應(yīng)該有一個(gè)熒光計(jì)來監(jiān)測擴(kuò)增的目標(biāo)dna。
另外還有一些更新的擴(kuò)增方法,例如環(huán)介導(dǎo)(lamp)和重組酶聚合酶擴(kuò)增(rpa),這些方法是等溫過程,不需要熱循環(huán)和使用特殊設(shè)備。
圖2:pcr擴(kuò)增熱循環(huán)儀
最新的技術(shù)則是將試劑加載到微流體通道/芯片上。以更少量的試劑和更低熱量有望實(shí)現(xiàn)更快和更精確的溫度循環(huán),從而產(chǎn)生更快的結(jié)果。
圖3:微流控pcr芯片
pcr&冷凍干燥
冷凍干燥已成為pcr過程的一個(gè)重要流程,主要用于單個(gè)試劑和最終產(chǎn)品檢測試劑盒的生產(chǎn)。研究表明,pcr擴(kuò)增效率通常不會(huì)由于單個(gè)試劑或pcr診斷試劑盒使用了凍干而受影響。雖然凍干可能會(huì)使探針的熒光強(qiáng)度略有下降,但并不影響整個(gè)測量過程。
凍干pcr產(chǎn)品追求1-3%的最終水分含量。建議通過karl-fisher滴定法測量水分。
凍干pcr試劑和診斷試劑盒具有很強(qiáng)的吸濕性。從凍干機(jī)中取出產(chǎn)品時(shí),必須小心避免暴露在環(huán)境濕氣中。濕度受控的房間或隔離設(shè)備可用于減緩水分的再吸收。對(duì)于產(chǎn)品的儲(chǔ)存和運(yùn)輸,試劑必須密封在防潮容器中,例如鋁袋。
冷凍的聚合酶和逆轉(zhuǎn)錄酶可能含有高達(dá)50%的甘油作為冷凍保護(hù)劑和穩(wěn)定劑。甘油不利于凍干,因?yàn)樗鼤?huì)干擾水分的去除,從而影響產(chǎn)品的穩(wěn)定性和結(jié)構(gòu)。因此凍干時(shí)要注意優(yōu)先選擇不含甘油的試劑。
凍干pcr
用于pcr試劑的凍干設(shè)備須知
由于測量的試劑樣品量以微升為單位,一批次凍干pcr試劑中的總水分含量非常小。冷凍干燥機(jī)設(shè)計(jì)不需要具有1:1的擱板表面與冰冷凝器表面積比,因?yàn)檫@主要用于高水分、散裝液體或西林瓶應(yīng)用。
當(dāng)產(chǎn)品樣本大小在微升范圍內(nèi)時(shí),是很難使用產(chǎn)品探針的。因此在工藝開發(fā)時(shí),皮拉尼/電容壓力計(jì)壓力差比較法是更為推薦的干燥終點(diǎn)工具。如果凍干機(jī)配備隔離閥且能夠?qū)崿F(xiàn)自動(dòng)開啟和關(guān)閉,也可以使用壓力升法進(jìn)行測試。
另外,凍干機(jī)中的制冷系統(tǒng)也應(yīng)考慮精準(zhǔn)優(yōu)化(與常識(shí)保留冗余的設(shè)計(jì)理念相反),較小的壓縮機(jī)可以大大減少室內(nèi)熱量的消耗。這意味著對(duì)于電壓和能源占用較小。風(fēng)冷的中試型凍干機(jī)型號(hào)更適用于中等批量的診斷試劑的生產(chǎn)和研發(fā),這避免了對(duì)冷卻水設(shè)施的需求,因?yàn)槔鋮s水設(shè)施對(duì)于大部分pcr試劑盒生產(chǎn)場地而言中可能并不容易獲取。
sp scientific virtis ultra系列凍干機(jī)非常適合診斷應(yīng)用。它以緊湊的配置提供超過2平方米的擱板面積。這使得客戶在樣品處理中具有很大的靈活性。
圖4:sp virtis ultra中試和小型生產(chǎn)凍干機(jī)
pcr診斷檢測試劑盒的凍干工藝須知
凍干pcr診斷試劑盒的明顯優(yōu)勢是消除了試劑盒冷藏運(yùn)輸和儲(chǔ)存的冷鏈依賴,延長了其可用保質(zhì)期。
96孔板是用于pcr診斷試劑盒的標(biāo)準(zhǔn)配置。相比較手動(dòng)進(jìn)樣這種繁瑣的操作,使用自動(dòng)化液體灌裝設(shè)備,除了更快的裝載時(shí)間和更高的吞吐量外,它還提供更好的過程控制和可重復(fù)性。
在批量裝載到凍干機(jī)的過程中,控制產(chǎn)品的蒸發(fā)和產(chǎn)品溫度會(huì)是一個(gè)問題,特別是對(duì)于具有較大批量的較大裝置,*裝載需要比較長的時(shí)間。對(duì)擱板進(jìn)行預(yù)冷上會(huì)降低上述問題帶來的影響。如果加載到芯片或微流體通道上,那么蒸發(fā)和傳熱又會(huì)是一個(gè)大問題。
凍干過程取決于足夠的熱量傳遞到產(chǎn)品中。大多數(shù)96孔是塑料管,底部與冷凍干燥機(jī)擱板接觸的表面積很小。在冷凍干燥過程中可以使用鋁制冷卻塊來增加傳導(dǎo)熱傳遞。
圖5:用于96孔的鋁質(zhì)傳熱模具
對(duì)流傳熱在凍干中也很重要,因?yàn)樗梢詭椭a(chǎn)品在貨架上更均勻地分配熱量,減輕由輻射傳熱差異引起的邊緣效應(yīng)。在產(chǎn)品支持的前提下,使用更低的真空度(例如:100mtorr而不是60mtorr)將提供更均勻的對(duì)流傳熱。然而,許多pcr試劑的塌陷溫度非常低,因此凍干過程中設(shè)置較高的壓力可能并不總是可行的。可以在配方中添加賦形劑,提高塌陷溫度,以允許更高的壓力設(shè)置。這樣做的其他好處包括使配方更容易轉(zhuǎn)移到其他可能無法實(shí)現(xiàn)非常低真空設(shè)置的凍干機(jī)(減少工藝放大的風(fēng)險(xiǎn)),以及減少阻塞流現(xiàn)象發(fā)生的概率。
出于信號(hào)校準(zhǔn)的目的,診斷試劑盒通常包含不含目標(biāo)dna/rna的陰性對(duì)照混合物和含有目標(biāo)dna/rna的陽性對(duì)照混合物。除了包含測試樣品的混合物之外,還分析對(duì)照樣品,并比較熒光信號(hào)以確定患者樣品是陽性還是陰性。處理陽性對(duì)照樣品的一個(gè)問題是凍干機(jī)內(nèi)部存在交叉污染的高風(fēng)險(xiǎn)。因此建議客戶分別使用多個(gè)凍干機(jī),陽性對(duì)照始終在同一設(shè)備中進(jìn)行處理。
單個(gè)pcr試劑源材料的冷凍干燥
除了延長保質(zhì)期和避免對(duì)供應(yīng)冷鏈的需求外,實(shí)驗(yàn)室使用凍干pcr試劑的其他好處包括:
● 更穩(wěn)健的工藝,更高的可靠性和更少的批次變化,因?yàn)槔鋬龈稍锎蟠蠼档土藢?shí)驗(yàn)室工作臺(tái)移液錯(cuò)誤和污染的可能性;
● 避免多次凍融循環(huán)的破壞性影響;
● 減少設(shè)置和處理時(shí)間;
● 減少過期產(chǎn)品的浪費(fèi),降低運(yùn)輸和儲(chǔ)存成本。
為方便起見,預(yù)配制的凍干pcr“master-mix”試劑目前也可在市面上進(jìn)行購買,它可以通過消除實(shí)驗(yàn)室工作臺(tái)上的一些混合步驟來提高通量。主混合物通常包含核苷酸、酶、輔因子和緩沖液。
凍干微珠
一些pcr試劑供應(yīng)商在實(shí)驗(yàn)室實(shí)驗(yàn)中采用的一種常見方法是提供冷凍干燥的試劑預(yù)混珠,在凍干之前使用專門的設(shè)備用液氮冷凍。
圖6:凍干pcr微珠
在凍干之前使用液氮預(yù)凍試劑存在權(quán)衡取舍。極快的冷凍速度可最大限度地減少冷凍濃度效應(yīng),例如ph變化。然而,它也會(huì)帶來非常小的冰晶尺寸,這會(huì)導(dǎo)致在干燥過程中對(duì)蒸汽流動(dòng)的阻力更大并且干燥時(shí)間更慢。pcr的小樣本量可以降低這方面的影響,但需要凍干機(jī)提供更冷的擱板溫度和更低的真空度來防止珠子在初級(jí)干燥過程中熔化。
此外,珠子必須保持冷凍。可以使用冷藏的冷盤來輔助。冷凍干燥機(jī)擱板也需要預(yù)冷,以避免產(chǎn)品在抽真空之前熔化。要注意的是在產(chǎn)品室門在真空下密封之前,預(yù)冷凍擱板會(huì)導(dǎo)致環(huán)境條件下結(jié)霜。
冷凍干燥的顆粒或珠子通常放置在pcr管中,然后密封在防潮袋中。
綜上所述,pcr診斷試劑的凍干需要考慮多種因素,其中包括商用原料的類型和凍干機(jī)的選用。萊奧德創(chuàng)可以為客戶提供一站式診斷試劑凍干工藝解決方案,從配方的設(shè)計(jì)到商業(yè)化生產(chǎn)階段均可為客戶提供快速、可靠的委托服務(wù)。
lyo innovation
萊奧德創(chuàng)
凍干科技,賦能創(chuàng)新
lyo technology enables innovation
關(guān)于萊奧德創(chuàng):
上海萊奧德創(chuàng)生物科技有限公司由德祥科技有限公司創(chuàng)辦,專注于提供先進(jìn)的凍干設(shè)備應(yīng)用和制劑開發(fā)相關(guān)服務(wù)。
德祥科技有限公司服務(wù)凍干行業(yè)十余年,在涉及冷凍干燥領(lǐng)域的工藝開發(fā)/工藝優(yōu)化/商業(yè)化等各方面擁有豐富的經(jīng)驗(yàn),迄今為止已為500+客戶提供凍干設(shè)備及相關(guān)服務(wù)。客戶產(chǎn)品類型涵蓋:蛋白、抗體、adc、疫苗、核酸、多肽、脂質(zhì)體、ivd、食品等領(lǐng)域。依托與合作伙伴美國sp scientific和英國biopharma group的緊密合作,掌握先進(jìn)的凍干理念與技術(shù),使用*先進(jìn)的凍干設(shè)備和軟件致力于促進(jìn)中國生物醫(yī)藥技術(shù)創(chuàng)新升級(jí),助力中國大健康行業(yè)的持續(xù)發(fā)展。
our mission :
萊奧德創(chuàng)凍干工場專注于提供先進(jìn)的凍干設(shè)備應(yīng)用和制劑開發(fā)相關(guān)服務(wù),致力于促進(jìn)中國生物醫(yī)藥技術(shù)創(chuàng)新升級(jí),助力中國大健康行業(yè)的持續(xù)發(fā)展。
our vision :
做凍干工藝的創(chuàng)新者,為生物醫(yī)藥開發(fā)提供十分優(yōu)質(zhì)的制劑產(chǎn)品解決方案。

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