生物顯微鏡的焦深的另一個名字叫景色，焦深是焦點深度的簡稱。怎么理解焦深呢，當我們觀察一個立體的物體時，慢慢調節生物顯微鏡的粗微調，讓物鏡接近被檢物。這時被檢物頂端zui靠近物鏡的平面上的部分zui清晰，不僅在這個層面上的部分清晰，往下一定厚度的部分同樣清晰可辨，這個能清晰分辨的厚度就是顯微鏡的景深。景深越大，在豎直方向看到的物體清晰部分就越多。反之則只能看清薄薄的一層。
景深與顯微鏡的技術參數有關，首先焦深與總放大倍率和物鏡的數值孔徑成反比，其他參數不變，放大倍率越大的顯微鏡焦深就越小，同理，其他參數不變數值孔徑越大，焦深也越小。其次焦深與分辨率也有一定關系，焦深越大，會降低生物顯微鏡的分辨率。
為了解決以上幾個矛盾而想獲得高景深高放大率和高分辨率的圖像效果，我們可以通過數碼成像系統來解決，有的的數碼成像系統有圖層合并功能，當我們想要高景深高放大率和高分辨率的圖像時，通過ccd把整個物體各各層面的高放大倍率低景深的圖像傳輸到電腦，再用這款與ccd配套的有圖層合并功能的圖像處理軟件把各各層面高清的圖像進行合并，zui終我們就能得到高景深高放大率和高分辨率的圖像了。

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