色譜柱箱溫度，步進影響色譜過程的熱力學因素，也是影響傳質過程的動力學因素。柱溫變化，不僅影響柱前端壓力、載氣流速等，更重要的是它會對物質的分離、分析結果帶來影響。那么如何選擇適合的色譜柱箱溫度那？氣象色譜中，柱溫是影響化合物保留時間的重要因素。使用中應注意柱溫的選擇，因為一下幾個方面均與柱溫有關。
（1）色譜柱固定液的壽命：若柱溫高于固定液的最高使用溫度，則會使固定液隨載氣流失，不但影響色譜柱的壽命，而且固定液隨載氣進入檢測器，將污染檢測器，影響分析結果。
（2）分離效能和分析時間：若柱溫過高，則會使各組分的分離系數變小，分離度減小；但柱溫過低，則傳質速率顯著降低，柱效能下降，而且會延長分析時間。
（3）化合物保留時間：柱溫越高，出峰越快，保留時間越小。柱溫變化會造成保留時間的重現性不好，從而影響樣品組分的定性結果。一般，柱溫變化1%組分保留時間變化5%；如果柱溫變化5%，則組分的保留時間變化20%。
（4）色譜峰峰形：柱溫升高時，正常情況下回導致半峰寬變窄，峰高變高，峰面積不變。但是組分分高變高，以峰高進行定量時，分析結果可能產生變化；柱溫降低，則相反。
所以在柱溫選擇時需要從以下幾個方面出發。
首先，應保證柱溫不高于固定液的最高使用溫度，即色譜柱的最高耐受溫度，避免固定液流失而影響色譜柱柱效和使用壽命。
其次，選擇適合的柱溫，柱溫的選擇以使難分離的兩組分達到預期的分離效果，峰形正常而分析時間較短為宜，一般柱溫應比試樣中各組分的平均沸點低20-30攝氏度，通過實驗決定。對于沸點范圍較寬的試樣，應采用程序升溫，按預定的升溫速率隨時間線性或非線性的增加溫度，一般升溫速率是成。
最后，特別是要保證儀器柱溫控制的穩定性、均勻性，以及實際溫度與預設溫度之間的一致性。一般氣相色譜儀柱溫控溫精度在±0.1攝氏度，也有能達到±0.01攝氏度。

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