聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction)簡(jiǎn)稱pcr,是一種體外高效擴(kuò)增特定dna片段的分子生物學(xué)技術(shù)。該技術(shù)的發(fā)明人是kary mullis,他從1983年開(kāi)始研究pcr技術(shù),1985年開(kāi)始被逐漸采用,成為分子生物學(xué)的一項(xiàng)常規(guī)手段,并得到了廣泛的應(yīng)用,在臨床診斷、生物醫(yī)學(xué)研究和法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域都具有重要意義。pcr是在體外模擬體內(nèi)dna復(fù)制的過(guò)程,它用加熱的辦法讓需要擴(kuò)增的dna片段變性解鏈成兩條單鏈,人工合成的一對(duì)引物讓它們結(jié)合到dna模板(分別結(jié)合到兩條鏈上)的兩端,dna聚合酶即可以大量復(fù)制該模板。了解了pcr的基本過(guò)程,再一起來(lái)學(xué)習(xí)一下pcr體系及各類常見(jiàn)pcr辨析吧!
pcr體系
1. 模板
需要研究或擴(kuò)增的目的核酸分子,dna可以直接擴(kuò)增,rna需要增加一步逆轉(zhuǎn)錄,或者在體系中加逆轉(zhuǎn)錄酶一步法進(jìn)行rt-pcr擴(kuò)增;
2. 引物
良好設(shè)計(jì)的引物,是擴(kuò)增特異性及擴(kuò)增效率的關(guān)鍵因素之一;
3. taqase
pcr體系的核心組分,taqase的性能,直接決定了擴(kuò)增體系能否達(dá)到實(shí)驗(yàn)要求;
針對(duì)不同類型的模板、特異性的要求、產(chǎn)物保真度的要求、擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度,需要選用能滿足對(duì)應(yīng)要求的taqase;所選用的酶如果不匹配,實(shí)驗(yàn)是無(wú)法成功的;
對(duì)一株taqase的性能評(píng)價(jià),主要是如下幾個(gè)方面:擴(kuò)增效率,擴(kuò)增速度,保真度,除了催化鏈延伸之外的其它活性,抗逆性等;
4. dntp
dntp的濃度和質(zhì)量,也是影響擴(kuò)增產(chǎn)率的一個(gè)重要因素;dntp分子中,含有一個(gè)高能磷酸鍵,是影響dntp穩(wěn)定性的關(guān)鍵因素,高能磷酸鍵的斷裂也是造成dntp質(zhì)量不合格的分子層面的原因;
5. buffer
為pcr反應(yīng)體系提供穩(wěn)定的工作環(huán)境,主要環(huán)境因素為ph值,離子強(qiáng)度等;
6. mg++
因?yàn)殒V離子對(duì)taqase活性影響大,所以一般buffer之外,還單獨(dú)帶一管mg++,方便用戶靈活調(diào)節(jié)體系里面mg++濃度;
除了上述六種必要的組分之外,還有較多的工具蛋白或者小分子化合物,能對(duì)pcr體系起到相應(yīng)的作用,這方面累積的研究成果也比較多。
各類常見(jiàn)pcr辨析
1. pcr,通常指的是普通pcr,以雙鏈dna為模板,以dntp為底物,大量(30個(gè)循環(huán)理論上可以使產(chǎn)物增加到模板初始摩爾數(shù)的10的9次方倍)擴(kuò)增雙鏈dna。產(chǎn)物通常以電泳及凝膠成像方式來(lái)分析。
2. qpcr和real-time pcr,指的是實(shí)時(shí)熒光定量pcr,以dna或cdna為模板,以dntp為底物,以熒光基團(tuán)為報(bào)告分子,收集熒光信號(hào)從而對(duì)擴(kuò)增出的dna進(jìn)行定量分析。為避免和rt-pcr(逆轉(zhuǎn)錄pcr)混淆,現(xiàn)在一般不太常用real-time pcr,通常交流,用qpcr指代更明確。
3. rt-pcr,指的是逆轉(zhuǎn)錄pcr,以由mrna逆轉(zhuǎn)錄成的cdna為模板,以dntp為底物,進(jìn)行dna的擴(kuò)增及檢測(cè)。
4. rt-qpcr,指的是實(shí)時(shí)熒光定量逆轉(zhuǎn)錄pcr,是qpcr+rt-pcr的組合,將總rna或mrna逆轉(zhuǎn)錄成cdna后再作為模板,以dntp為底物,進(jìn)行產(chǎn)物的定量分析。
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