在純水制取的工藝中，活性炭過濾器用于對有機物的吸附和對過量氯（余氯）的吸附去除，對前者去除能力較差，通常為50%，對后者則很強，基本上可以脫除余氯，這是由于在對余氯吸附的同時，還有自身被氯化的作用。
活性炭的吸附能力曾被用于口服對腸道細菌的吸附而治療細菌性痢疾，在次世界大戰中，氯氣類毒氣作為大規模殺傷性被使用，活性炭則是防毒面具中，主要的毒氣吸附劑，離子交換樹脂被廣泛應用后，活性炭在化學除鹽系統中使用較廣，大機組對有機酸的腐蝕敏感，因此配置活性炭床者更多。但是活性炭吸附水中營養物質，可以成為細菌微生物的溫床，微生物膜對水的阻力影響較大，因此，應定期進行反洗去污，如果反洗不能奏效時，應進行滅菌處理。
實際上，按照進水濁度合理的安排反沖洗才更具有實際意義，由于微生物膜與微生物黏
泥難于清凈，采取空氣擦洗是必要的。某些客戶條件所限采用受嚴重污染的江河水作為原水，水中菌、藻和微生物對濾池污染嚴重，虹吸濾池的運行時間和反洗時間持平；活性炭過濾器無法使用，就造成了混床被黏泥結成團塊無法分層再生。在反滲透除鹽系統中，如果活性炭二次污染滋生了大量細菌，即會造成純水系統中反滲透膜微生物的污染，在反滲透清洗過程中，微生物污染是比較難清洗，而清洗不，很快又會大面積的滋生，后續的解決對策是使用了部分自來水，緩解河水污染造成的困擾，因此，當活性炭過濾器由于菌、藻造成污染時除了加強反洗保證壓差在規定范圍內之外，滅菌雖屬重要，但是更應從源頭上解決。其實ph值對于水處理系統影響也是非常大的，因為ph值是水的酸堿度的衡量指標，ph值變化，會影響到水中各種離子的平衡，尤其是碳酸系統離子的平衡，同時也會影響到氫離子和氫氧根離子的含量，而反滲透膜對各種離子的脫鹽率是不一樣的，同時其脫鹽率會受到ph值的明顯干擾，只有在ph值介于6～8之間時，其脫鹽率，當ph值過高或過低，其脫鹽率均會大大降低，而石灰軟化處理工藝其ph值往往都超過10，因而導致了純水系統脫鹽率的大大降低。
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