通過引入手性環境使對映異構體間呈現物理特征的差異，從而達到光學異構體拆分的目的。要實現手性識別，手性化合物分子與手性固定相之間至少存在三種相互作用。這種相互作用包括氫鍵、偶級-偶級作用、π-π作用、靜電作用、疏水作用或空間作用。手性分離效果是多種相互作用共同作用的結果。這些相互作用通過影響包埋復合物的形成，特殊位點與分析物的鍵合等而改變手性分離結果。由于這種作用力較微弱，因此需要仔細調節、優化流動相和溫度以達到*分離效果。
手性色譜柱的分類及應用
迄今為止，尚沒有一種類似十八烷基鍵合硅膠（ods）柱的普遍適用的手性柱。不同化學性質的異構體不得不采用不同類型的手性柱，而市售的手性色譜柱通常價格昂貴，因此如何根據化合物的分子結構選擇適用的手性色譜柱是非常重要的。
根據手性固定相和溶劑的相互作用機制，irving wainer提出了手性色譜柱的分類體系：
第1類：通過氫鍵、π-π作用、偶級-偶級作用形成復合物。
第2類：既有類型1中的相互作用，又存在包埋復合物。此類手性色譜柱中典型的是由纖維素及其衍生物制成的手性色譜柱。
第3類：基于溶劑進入手性空穴形成包埋復合物。這類手性色譜柱中zui典型的是由armstrong教授開發的環糊精型手性柱[2]，另外冠醚型手性柱和螺旋型聚合物，如聚（苯基甲基甲基丙烯酸酯）形成的手性色譜柱也屬于此類。
第4類：基于形成非對映體的金屬絡合物，是由davankov開發的手性分離技術，也稱為手性配位交換色譜（clec）。
第5類：蛋白質型手性色譜柱。手性分離是基于疏水相互作用和極性相互作用實現。

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