奧林巴斯生物顯微鏡使用時間長了，也會出現一些故障問題，常見的歸納總結如下:
一、粗調失靈
故障現象是當轉動粗準焦螺旋時，鏡筒不能隨之升降。顯微鏡鏡簡的升降是靠齒輪帶動因條來實現的，而齒輪固定在粗調旋鈕的轉軸上，齒條固定在鏡筒上。當轉動粗調旋鈕時，齒輪帶動條使鏡筒升降。如果鏡筒不能隨之升降，說明齒輪與齒條沒有吻合。常見的故障原因是齒桿套隨粗調旋紐一起轉動，即齒桿套上的二個止動螺釘沒有把齒桿套固定在燕尾導軌上。修理方法是把齒輪移到齒桿套缺口中間，并讓齒桿套的缺口面向齒條，再用小螺絲刀將尾導軌端面上的二個止動螺釘旋緊。如果無效，說明齒條磨損嚴重，則需取下鏡筒，旋出齒條上、下的固定螺釘，將齒條倒過來使用，因為齒條磨損主要發生在齒條的上部。
二、鏡筒自行下滑
故障現象是當焦距對準后，手松開準焦螺旋，鏡簡會自行下滑，導致焦距不準。顯微鏡粗調構造中，齒輪軸的松緊一般是用齒桿套與粗調旋鈕間的摩擦力的大小來控制的，而齒輪軸與齒桿套之間的摩擦力是由與齒輪軸連接的兩個粗調旅鈕通過兩個塑料墊圈緊壓在齒桿套端面上而取得的。糧調旋或與齒桿套端面壓得越緊，得到的摩擦力就越大。鏡筒自行下滑的原因是由于墊圈使用日久，磨損變形，導致齒輪軸與齒桿套之間的摩擦力減少，齒輪軸與齒桿套之間的摩擦力產生的力矩克服不了鏡筒自身重力而產生的力矩而引起的。修理方法是，雙手各握一側粗調旋鈕，相對按照順時針方向擰緊粗調旋鈕。如果無效，則需加厚墊圈。用尖嘴鉗插入任一粗調旋鈕端面的雙眼螺母內，將其旋出，取下粗調旋鈕，取出塑料墊圈，用青殼紙或薄塑料片剪一個直徑相同的墊圈，夾在原墊圈與粗調旋鈕之間，重新裝好，如果轉動粗調旋鈕很費力，說明墊圈加得太厚了，應換個薄些的墊圈，總之以轉動粗調旋或有一定的阻力又要鏡筒不易自行下滑為準。
三、集光器不能定位或卡死
常見的集光器有二種：一種是圓盤或光欄，在圓盤卜有大小不等的圓孔。這種光欄是依靠載物臺下面的定位彈簧和滾珠卡在圓盤的定位孔中來定位的。當滾珠遺失或彈簧失效時都可能造成光柱不能定位。修理方法是更換滾珠或彈簧。現在有的廠家已經把這種依靠彈簧和滾珠的定位方法改為依靠彈簧片來定位，這種結構更牢固，更不容易損壞。另一種是彩虹式光柱，它是由十二片圓弧形薄鋼片(即遮光片)組成。只要撥動滑動權上的手柄，就可以任意改變光圈的大小。其常見的故障是遮光片上的小鋼柱脫落，造成手柄卡死，光圈無法改變。修理方法是，用小螺絲刀把光欄上的二個固定螺釘松開，取出遮光片，把脫落的小銅柱重新裝在遮光片上，并用502膠水把小銅柱膠牢，防止其再脫落。安裝時要注意，每片遮光片上的兩個小銅柱方向要相反。或者找一小段粗細和這光片上的孔徑配合緊密的銅導線制作成小銅柱裝上，然后把光欄的底板(帶有十二個小孔的圓板叫底板)朝上，把每片遮光片～端的小銅柱插在底板的小孔內，并按逆時外方向逐片排列整齊。再讓滑動板上的滑動槽依次套在上述遮光片另一端的小銅柱上，蓋上蓋板，把三個固定螺釘擰緊即可，如果遮光片斷裂一片，只要把斷裂的遮光片取出光欄仍可以正常使用，斷裂兩片以上應向生產廠家購買更換。
以上三種是奧林巴斯生物顯微鏡在使用時候常見的故障。

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