小面積的潔凈室建議采用移動式的真空清掃集氣，如果沒有可以用不掉纖維的絲光毛巾、尼龍布等進行擦拭，一般每天1次或者數次。別的潔凈室，擦拭用的水應該是過濾后的水；有特殊要求的場所，可以采用符合要求的有機溶劑進行擦拭。潔凈室內的產品不能進行擦拭時，使用真空清掃設備進行清掃。
潔凈室的清掃工具一般采用集中固定式或便攜移動式真空清掃設備，以確保在定期清掃時能去除微粒污染；也能有效地、適時地清除某些不適合在潔凈室外進行工作所帶來的污染。當設置集中固定式真空清掃系統時，其排風機應安裝在潔凈室外；潔凈室內的連接插座在不使用時應嚴密封蓋，以免危及潔凈室內的壓差或氣流形式。當設置便攜式真空清掃設備時，應配置有排風過濾器，其過濾效率應至少與所在潔凈環境的等級相同；還應注意在使用時對潔凈室內氣流的影響。
集中或真空吸塵系統的設計要求如下：
1、吸塵裝置布置在靠近負荷的中心，并要考慮隔聲隔振措施。
2、潔凈室內吸塵口位置和數量，要根據軟管作用半徑確定，讓潔凈室每一處都得到清掃。
3、集塵器要設置在真空泵的吸入端，集塵器可采用布袋除塵器等等。
4、吸塵系統的管道材料要選用耐磨、氣密性好、有一定強度的材質，如無縫鋼管或硬塑料管。管道彎頭的曲率半徑為管道直徑的4~6倍，三通夾角一般為30°，大不超過45°，水平管道要有一定的坡度，坡向立管或集塵器。
不同級別、不同用途的潔凈室，清掃次數和清掃方法都會有所不同，為防止在潔凈室內微粒子的沉積，在潔凈室工作前或工作后必須進行清掃。潔凈室的凈化空調系統每年應該清掃1~2次，委托專門清潔人員進行，所使用的清潔劑清掃程序應該事先商定好，因為每種實驗室使用的清潔劑會有所不同，要避免錯用清潔劑對實驗室造成傷害。
保證潔凈室的干凈不僅能提高工作效率，而且還能減少實驗的失誤率，誤差等等。
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