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RT-PCR實(shí)驗(yàn)RNA的質(zhì)量確認(rèn)方法

rt-pcr實(shí)驗(yàn)rna的質(zhì)量確認(rèn)方法:
1、檢測(cè)rna溶液的吸光度
280、320、230、260nm下的吸光度分別代表了核酸、背景(溶液渾濁度)、鹽濃度和蛋白等有機(jī)物的值。一般的,我們只看od260/od280(ratio,r)。
1.82.0時(shí),我們認(rèn)為rna中蛋白或者時(shí)其他有機(jī)物的污染是可以容忍的,不過要注意,當(dāng)你用tris作為緩沖液檢測(cè)吸光度時(shí),r值可能會(huì)大于2(一般應(yīng)該是<2.2的)。當(dāng)r<1.8時(shí),溶液中蛋白或者時(shí)其他有機(jī)物的污染比較明顯,你可以根據(jù)自己的需要決定這份rna的命運(yùn)。當(dāng)r>2.2時(shí),說明rna已經(jīng)水解成單核酸了。
如果rna的量夠,可在260nm(a260)用分光光度法測(cè)定rna的得率,1個(gè)單位等于40ug/mlssrna。純r(jià)na的a260/a280的比值為2.0。a260/a230的比值還表明rna的純度,其值小于2.0表明裂解液中有亞硫氰胍和belta-巰基乙醇?xì)埩簦渲荡笥?.4,需用乙酸鹽,乙醇沉淀rna。
2、rna的電泳圖譜
一般的,rna的電泳都是用變性膠進(jìn)行的,但是根據(jù)我的經(jīng)驗(yàn),如果你僅僅是為了檢測(cè)rna的質(zhì)量是沒有必要進(jìn)行如此麻煩的實(shí)驗(yàn)的,用普通的瓊脂糖膠就可以了。
電泳的目的是在于檢測(cè)28s和18s條帶的完整性和他們的比值,或者是mrna smear的完整性。一般的,如果28s和18s條帶明亮、清晰、條帶銳利(指條帶的邊緣清晰),并且28s的亮度在18s條帶的兩倍以上,我們認(rèn)為rna的質(zhì)量是好的。
以上是我們常用的兩種方法,但是這兩種方法都無法明確的告訴我們r(jià)na溶液中有沒有殘留的rna酶。如果溶液中有非常微量的rna酶,用以上方法我們很難察覺,但是大部分后續(xù)的酶學(xué)反應(yīng)都是在37度以上并且是長時(shí)間進(jìn)行的。這樣,如果rna溶液中有非常微量的rna酶,那么在后續(xù)的實(shí)驗(yàn)中就會(huì)有非常適合的環(huán)境和時(shí)間發(fā)揮它們的作用了,當(dāng)然這時(shí)你的實(shí)驗(yàn)也就完了。
下面,我們介紹一個(gè)可以確認(rèn)rna溶液中有沒有殘留的rna酶的方法。
3、保溫試驗(yàn)
方法很簡單的,按照樣品濃度,從rna溶液中吸取兩份1000 ng的rna加入至0.5 ml的離心管中,并且用ph7.0的tris緩沖液補(bǔ)充到10 ul的總體積,然后密閉管蓋。把其中一份放入70℃的恒溫水浴中,保溫1 h。另一份放置在-20℃冰箱中保存1 h。
時(shí)間到了之后,取出兩份樣本進(jìn)行電泳。電泳完成后,比較兩者的電泳條帶。如果兩者的條帶一致或者無明顯差別(當(dāng)然,它們的條帶也要符合方法2中的條件),則說明rna溶液中沒有殘留的rna酶污染,rna的質(zhì)量很好。相反的,如果70℃保溫的樣本有明顯的降解,則說明rna溶液中有rna酶污染。
如果你的rna樣本通過了保溫實(shí)驗(yàn)的檢測(cè)并且你在后續(xù)的實(shí)驗(yàn)中還是非常小心的防范rna酶的騷擾,那么你的實(shí)驗(yàn)應(yīng)該是很難失敗了!

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