離子色譜在環境保護行業有著非常重要的應用，比如：地面水、飲用水、雨水、生活污水和工業企業廢水、酸沉降物和大氣顆粒物等樣品中的陰、陽離子等。
*，在水質分析監測中，檢測工作者常應用電導和紫外檢測器測定飲用水中的陰、陽離子和消毒劑的副產品，離子色譜儀由于能夠同時分析檢測多種離子化合物而被普遍應用。舉例來說：高容量的陰離子分離柱，可在 陰離子的共存的情況下，一次進樣分別檢測出多種含氧鹵素和另外的常見陰離子。可以這么說，離子色譜法是水質檢測領域更便捷的辦法之一。
近幾年來，無機陰離子是較成熟的離子色譜檢測辦法，除此之外另有無機陽離子的檢測、無機陰離子和陽離子檢測等。伴隨著離子色譜技術的，新的分析技術和檢測裝備已連續出現，只要很短的時間就可獲得陰、陽離子和樣品構成的整體信息，為人民的生命安全帶來了可靠。同時，隨著對環境水質的檢測要求越來越高，離子色譜檢測方法也獲得更多的普及和推廣，尤其是在一些水質環境較嚴峻的地域，通過色譜檢測這一方法來實時監測水質環境，可迅速杜絕不安全的飲水事件的發生，進而為水質檢測領域提供技術保障。
在離子色譜技術產生早期，特別重要的應用是對環境樣品的分析檢測，其中包含環境樣品中各類陰、陽離子的定性、定量分析，例如：cl- 、no2-、br- 、no3-、po43-、so42-等陰離子和li+ 、na+ 、nh4+、k+、mg2+ 、ca2+ 等陽離子的分析。現如今，我國各級環境監測機構已普遍將離子色譜法用于酸雨及濕沉降的測定。與其他辦法相比，離子色譜法分析檢測大氣污染物樣品中的陰、陽離子更簡單、更。
另外，隨著離子色譜儀的日臻完善，其在環境領域中的使用范圍在漸漸拓展。除了分析常見陰，陽離子外，過渡金屬、極性有機物等凈化物的分析檢測也有大批新聞報道。據了解，有專業人士總結了近年來離子色譜在環境分析檢測領域中的新的應用情況，并對離子色譜在大氣、水、土壤、植物和沉積物等環境樣品中的應用及樣品前處理作了深入剖析。據介紹，離子色譜對某些特定污染物價態分析中也具備明顯的優勢。

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