em菌（effective microorganisms）是由大約80種微生物組成，em菌由日本琉球大學的比嘉照夫教授1982年研討成功，于80年代投入市場。em菌是以光合細菌、乳酸菌、酵母菌和放線菌為主的10個屬 80余個微生物復合而成的一 種微生活菌制劑。作用機理是構成em菌和病原微生物搶奪養分的競爭，由于em菌在土壤中極易生計繁衍，所以能較快而穩定地占有土壤中的生態地位，構成有利的微生物菌的優勢群落，然后控制病原微生物的繁衍和對作物的侵襲。是生態農業的發展方向，更有利于農業的可持續發展。80年代末90年代初,em菌已被日本、泰國、巴西、美國、印度尼西亞、斯里蘭卡等國廣泛應用于農業、養殖、種植、環保等領域，取得了明顯的經濟效益和生態效益。
1、光合菌群（好氧型和厭氧型）。如光合細菌和藍藻類。歸于獨立養分微生物 ，菌體自身含60%以上的蛋白質，且富含，還含有、抗病毒物質和促成長因子；它以土壤承受的光和熱為動力，將土壤中的硫氫和碳氫化合物中的氫分離出來，變有害物質為無害物質，并以植物根部的分泌物、土壤中的有機物、有害氣體（硫化氫等）及二氧化碳、氮等為基質，組成糖類、氨基酸類、維生素類、氮素化合物、抗病毒物質和生理活性物質等，是肥美土壤和促進動植物成長的主要力量。光合菌群的代謝物質能夠被植物直接吸收，還能夠成為其它微生物繁衍的養分。光合細菌假如增殖，其它的有利微生物也會增殖。例如：va菌根菌以光合菌分泌的氨基酸為食餌 ，它既能溶解不溶性磷，又能與固氮菌共生，使其固氮才能成倍進步。
2、乳酸菌群（厭氧型）。以嗜酸乳桿菌為主導。它靠吸取光合細菌、酵母菌發生的糖類構成乳酸。乳酸具有很強的滅菌才能，能有效按捺有害微生物的活動和有機物的急劇糜爛分化。乳酸菌能夠分化在常態下不易分化的木質素和纖維素，并使有機物發酵分化。乳酸菌還能夠按捺連作妨礙發生的致病菌增殖。致病菌活躍，有害線蟲會急劇增加，植物就會虛弱，乳酸菌按捺了致病菌，有害線蟲便會逐步消失。
3、酵母菌群（兼性厭氧型）。它使用植物根部發生的分泌物、光合菌組成的氨基酸、糖類及其它有機物質發生發酵力，組成促進根系成長及細胞分裂的活性化物質。酵母菌在em原露中對于促進其它有效微生物（如乳酸菌、放線菌）增殖所需要的基質（食物）供給重要的給養保障。此外，酵母菌發生的單細胞蛋白是動物不可短少的養分。

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